News & Topics

2017年度2018年度

2019年度

  • 2019.7.23 Seminar

    7月のDECODE seminar

    7月の演者の写真 今回は、先端バイオイメージング研究チームの藤田英明さんが「Using Raman for DECODE」という演題で発表しました。ラマン分光法を用いて細胞の状態を識別する方法についてデータを示しながら説明があり、ラマンスペクトルと細胞機能の関連について深い議論を行いました。

  • 2019.7.12 Seminar

    DECODE project introductory seminar

    July 12, 3:00pm-, Kobe, A7F Seminar Room, DB Bldg.
    Broadcasting: Yokohama & Osaka
    This seminar was held to introduce the DECODE project and to invite applications for collaborative research in BDR.
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  • 2019.7.2 Seminar

    6月のDECODE seminar

    6月の演者の写真 今回のセミナーは、細胞システム動態予測研究チームの小川泰策さんが、イメージングと1細胞遺伝子解析を融合させる技術開発の成果について発表を行いました。今後の研究の発展や応用先について、活発な質疑応答が行われました。

  • 2019.5.28 Seminar

    5月のDECODE seminar

    5月の演者の写真 今回は、NTTコミュニケーション科学基礎研究所の岩田具治特別研究員(理研AIP 客員研究員)に「Machine Learning for Biosciences」 という演題でお話しいただきました。機械学習の様々な技術についての分かりやすい紹介と、DECODEプロジェクトへの応用法についての説明がありました。セミナーには多くのBDRメンバーが参加し、機械学習への関心の高さがうかがえました。

  • 2019.4.23 Seminar

    4月のDECODE seminar

    4月の演者の写真 今回は細胞極性統御研究チームの髙井 啓さんが「生細胞内でのRNAの可視化と操作のための新規プローブ開発」という演題で発表しました。このプローブの特性について説明があり、細胞状態をDECODEするためのプローブ活用法について議論を行いました。

  • 2019.4.18 Topic

    微細加工デバイス利用案内

    集積バイオデバイス研究チームが所外向けに、微細加工デバイス利用案内に関するページを開設しました。


  • 2018年度

    • 2019.3.29 Seminar

      3月のDECODE seminar

      3月の演者の写真 今回は理研 革新知能統合研究センター(AIP)病理情報学チームの山本陽一朗チームリーダーに 「Automated acquisition of knowledge from images」という演題で発表していただきました。機械学習を用いた病理画像の解析について分かりやすい説明があり、病理医が注目しにくかった領域をも抽出できる手法について理解を深めました。

    • 2019.2.26 Seminar

      2月のDECODE seminar

      2月の演者の写真 今回はヒト器官形成研究チームの高里実チームリーダーに「Recreating the kidney from stem cells」という演題でご発表いただきました。非常に複雑な構造を持つ腎臓のオルガノイドが見事に形成されていく様子に一同感嘆し、実験の詳細やオルガノイド形成のメカニズムについて議論を行いました。

    • 2019.1.22 Seminar

      1月のDECODE seminar

      1月の演者の写真 今回は呼吸器形成研究チームの森本充チームリーダーに、「Lung development and regeneration」と題して、呼吸器の発生と再生の複雑な機構についての研究成果を発表していただきました。呼吸器細胞のダイナミックな動きやオルガノイドの形成についてご紹介があり、DECODEプロジェクトとの連携の可能性も意識しながら熱い議論を行いました。

    • 2018.12.25 Seminar

      12月のDECODE seminar

      12月の演者の写真 今回の発表は細胞シグナル動態研究チーム 安井真人さんによる「細胞自動観察システムの応用について」でした。開発の結果、飛躍的に性能が向上したオートフォーカスモジュールについて説明があり、これを装備した顕微鏡システムの応用方法について議論を行いました。
      細胞自動観察システムの詳細についてはこちら プレスリリース >

    •   
    • 2018.12.5 Topic

      AIP-BDR 合同ワークショップ

      12月4日に理研革新知能統合研究センター(AIP)と生命機能科学研究センター(BDR)の合同ワークショップをBDRで開催しました。両センターの画像解析・画像診断、機械学習を中心とした最新の研究について10名の研究者が発表を行い、今後の連携の可能性について議論しました。終了後にはBDRで開発した実験機器の見学会も実施され、細胞からのデータ取得について現場での意見交換が行われました。

       
    • 2018.11.27 Seminar

      11月のDECODE seminar

      11月の演者の写真 今回の発表は多階層生命動態研究チーム 古澤力チームリーダーによる
      「Decoding gut microbiota by imaging analysis of fecal samples」
      糞便の画像から機械学習を用いて腸内細菌の比率を予測するという技術について発表があり、その技術の詳細について様々な方面から議論を行いました。

    • 2018.11.8 Topic

      特許

      DECODEプロジェクトに有効な細胞ピックアップシステムの技術開発において、小川泰策と城口克之(細胞システム動態予測研究ユニット)らが特許を出願しました。

    • 2018.9.25 Seminar

      9月のDECODE seminar

      9月の演者の写真 今回のセミナーは、理研 革新知能統合研究センター 構造的学習チームの武石直也さんによる 「Extracting Distinctive Coherent Patterns from Labeled Spatio-Temporal Data Collections」
      ラベル付けされている動画像の時空間データから、そのラベル間の違いを特徴づけるパターンを抽出する方法について説明がありました。そしてこの技術の特徴や、どのように細胞や脳の研究に応用できるのかという点について議論を行いました。

    • 2018.8.28 Seminar

      8月のDECODE seminar

      8月の演者の写真 今回の発表は計算分子設計研究チームの小山洋平さんによる
      「A brief review of recent advances in trajectory analysis of molecular dynamics simulations」
      分子の動きをシミュレーションしたデータを解析する手法について説明がありました。

    • 2018.7.31 Topic

      論文

      先端バイオイメージング研究チームのArno Germondさんの論文が受理されました。ラマン分光法と機械学習により薬剤耐性菌の種類を見分ける方法を開発したものです。
      "Raman spectral signature reflects transcriptomic features of antibiotic resistance"
      Communications Biology 1:85 (2018)
      プレスリリース >研究テーマ >

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    • 2018.7.24 Seminar

      7月のDECODE seminar

      7月の演者の写真 今回の発表はバイオコンピューティング研究チームの落合幸治さんによる
      「Cell identification through machine learning」
      細胞の画像から高い確率で細胞種を識別する機械学習の手法について発表があり、今後の研究の発展方向について議論を行いました。

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    • 2018.6.26 Seminar

      6月のDECODE seminar

      6月の演者の写真 今回の発表は発生動態研究チームの新海創也さんによる
      「Deciphering Hi-C data onto polymer modeling」
      クロマチンの空間的な近接を表すHi-C dataを用いて、Polymer modelを構築する方法の開発について説明がありました。

    • 2018.5.22 Topic

      研究員の募集

      DECODEプロジェクトの研究員を募集しています。興味のある方はdecode-pj[at]ml.riken.jpまでお問い合わせ下さい。

      • 2018.5.22 Seminar

        5月のDECODE seminar

        5月の演者の写真 今回の発表は、理研 革新知能統合研究センター 構造的学習チームの河原吉伸チームリーダーによる 「データ駆動による潜在的ダイナミクス抽出 ~機械学習に基づく作用素論的データ解析による方法」
        機械学習の手法と、細胞の画像解析への応用について活発な議論が行われました。

        • 2018.4.24 Seminar

          4月のDECODE seminar

          演者の写真 細胞極性統御研究チームの稲生大輔さんから、生きた細胞内のクロマチンの構造を可視化できる蛍光プローブの紹介があり、 その応用について議論を行いました。

          • 2018.4.23 Topic

            実験補助パートタイマーの募集

            DECODEプロジェクトの実験補助を行うパートタイマーを募集しています。詳細はこちら

            • 2018.4.18 Seminar

              理研イブニングセミナー [4月18日]

              プロジェクトメンバーの城口克之ユニットリーダーが、DECODEプロジェクトの関連技術を紹介しました。
              「核酸をデジタル計測できるDNA分子バーコード法の原理・注意点・新機能・応用例」(クリックすると別ウインドウが開きます。)

            • 2017年度

              • 2018.3.28 Topic

                2018年度のDECODE seminar

                Decode部屋の看板2018年度も月一回のペースで大阪の生命システム研究棟にてDECODE seminar を行います。要素技術の開発がかなり進んだ今、これからどのようにDECODEが花開くのか楽しみです。新年度も活発な議論を期待します。

              • 2018.3.27 Seminar

                3月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は細胞シグナル動態チームの安井真人さんによる
                「Quick Auto Focus and PALM」
                全自動1分子観察装置「AiSIS (Automatic in-cell Single Molecule Imaging System)」に搭載された自動焦点装置のさらなる開発と、Photoactivated Localization Microscopyへの応用について説明がありました。

              • 2018.2.27 Seminar

                2月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は細胞システム動態予測研究ユニットの小川泰策さんによる
                「Combination of imaging and RNA sequencing for single cells」
                細胞の画像を撮り、その後細胞をピックアップして1細胞レベルで遺伝子発現解析を行うというDECODEの王道を行く研究について発表がありました。

              • 2018.1.23 Seminar

                1月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は細胞極性統御研究チームの有吉哲郎さんによる
                「超高輝度蛍光RNAによるmRNA時空間動態の可視化」
                生きた細胞内のmRNAを可視化するプローブの開発について説明があり、その応用について議論を行いました。

              • 2017.12.26 Seminar

                12月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は発生動態研究チームのChamidu Atupelageさんによる
                「Deep convolutional neural network-based method for segmenting DIC microscopic images of C. elegans embryos」
                機械学習を使った顕微鏡画像の処理方法について紹介があり、議論を行いました。

              • 2017.11.28 Seminar

                11月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は先端バイオイメージング研究チームのArno Germondさんによる
                「Cell type discrimination using multiplex Raman imaging and machine learning」
                細胞のラマンスペクトルと機械学習を使って、細胞の種類を分類する技術について説明がありました。

              • 2017.10.24 Seminar

                10月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表はバイオコンピューティング研究チームの落合幸治さんによる
                「画像認識による分化状態判別」
                機械学習を用いて顕微鏡画像から細胞の種類を識別するというDECODEの基幹技術について発表がありました。

              •  
              • 2017.9.26 Seminar

                9月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は細胞極性統御研究チームの柳沼秀幸さんによる
                「改良型蛍光ATPセンサーを用いた細胞内代謝変化の可視化」
                個々の細胞のATP濃度やその時間変動を観察することで何が理解できるのかについて議論を行いました。

              • 2017.8.22 Seminar

                8月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は発生動態研究チームの京田耕司さんによる
                「デコードプロジェクトのためのデータベースの構築に向けて」
                データベース構築についての説明があり、活発な議論が行われました。このデータベースにより細胞画像データ等の共有が簡単に行えるようになり、研究の発展が期待されます。

              • 2017.6.27 Seminar

                6月のDECODE seminar

                演者の写真今回の発表は先端バイオイメージング研究チームのArno Germondさんによる
                「Exploring the relation between gene and Ramanspectra」
                細胞ごとに得たラマン分光スペクトルデータと遺伝子発現をつなげる技術の開発について発表がありました。