News & Topics

2017年度2018年度2019年度2020年度

2021年度

    DECODE seminarは理研生命機能科学研究センターの内部向けに開催しています。

  • 2021.6.22 Seminar

    6月のDECODE seminar

    演者 金 水縁(細胞システム制御学研究チーム)
    演題「Next-generation biochemical analyses using single-molecule volumetric imaging」
    Speaker: Sooyeon Kim (Laboratory for Cell Systems Control)
    Title: Next-generation biochemical analyses using single-molecule volumetric imaging

    演者 竹之内 修(染色体分配研究チーム)
    演題「生きた卵母細胞内の染色体動態を解析する新規手法の開発とその応用」
    Speaker: Osamu Takenouchi(Laboratory for Chromosome Segregation)
    Title: Development and application of an imaging tool for analyzing individual chromosome dynamics in live mouse oocytes

  • 2021.5.25 Seminar

    5月のDECODE seminar

    演者 京田 耕司(発生動態研究チーム)
    演題「線虫C. elegans初期胚における細胞核分裂動態の計算解析」
    Speaker: Koji Kyoda (Laboratory for Developmental Dynamics)
    Title: Computational analysis of nuclear division dynamics in early C. elegans embryos

  • 2021.4.27 Seminar

    4月のDECODE seminar

    演者 坂口 秀哉(理研BDR-大塚製薬連携センター)
    演題「Towards decoding the mechanism of neuroepithelium formation during the development of neural organoids. 」
    Speaker: Hideya Sakaguchi (RIKEN BDR-Otsuka Pharmaceutical Collaboration Center)
    Title:Towards decoding the mechanism of neuroepithelium formation during the development of neural organoids.

  • 2020年度

    • 2021.3.23 Seminar

      3月のDECODE seminar

      演者 田中 陽(集積バイオデバイス研究チーム)
      演題「ナノ流体チップ -マイクロからナノへ-」
      Speaker: Yo Tanaka (Laboratory for Integrated Biodevice)
      Title:Nano fluidic chip -From micro to nano-

    • 2021.2.16 Seminar

      2月のDECODE seminar

      演者 塩井 剛(先端バイオイメージング研究チーム)
      演題「Next-generation SPIM : from single cells to a whole embryo」
      Speaker: Go Shioi (Laboratory for Comprehensive Bioimaging)
      Title:Next-generation SPIM : from single cells to a whole embryo

      演者 藤田 英明(先端バイオイメージング研究チーム)
      演題「Distorted cardiomyogenesis pathway of disease-derived iPSC revealed by Raman spectroscopy」
      Speaker: Hideaki Fujita (Laboratory for Comprehensive Bioimaging)
      Title:Distorted cardiomyogenesis pathway of disease-derived iPSC revealed by Raman spectroscopy

    • 2021.1.26 Seminar

      1月のDECODE seminar

      演者 増田 智浩(網膜再生医療研究開発プロジェクト)
      演題「シングルセル解析を用いた移植に適した細胞特性を持つ網膜前駆細胞の検索 」
      Speaker: Tomohiro Masuda (Laboratory for Retinal Regeneration)
      Title:Identification of the cellular properties of retinal progenitor cells suitable for transplantation by using scRNA-seq

      演者 髙里 実(ヒト器官形成研究チーム)
      演題「Cell specificity of undergoing MET during kidney development」
      Speaker: Minoru Takasato (Laboratory for Human Organogenesis)
      Title:Cell specificity of undergoing MET during kidney development

    • 2020.12.22 Seminar

      12月のDECODE seminar

      演者 池田 一穂(細胞極性統御研究チーム)
      演題「ゲノム配列特異的プローブによる細胞内ゲノム可視化技術 」
      Speaker: Kazuho Ikeda (Laboratory for Cell Polarity Regulation)
      Title:Live imaging of genomic locus by using specific fluorescent probes.

    • 2020.11.24 Seminar

      11月のDECODE seminar

      演者 小川 泰策, Jianshi Jin(細胞システム動態予測研究チーム)
      演題「Towards deep learning-based prediction of single cell gene expression state from time-lapse images 」
      Speaker: Taisaku Ogawa, Jianshi Jin (Laboratory for Prediction of Cell Systems Dynamics)
      Title:Towards deep learning-based prediction of single cell gene expression state from time-lapse images

    • 2020.10.27 Seminar

      10月のDECODE seminar

      演者 栃尾 尚哉(細胞構造生物学研究チーム)
      演題「The tandemly connected NMR for noninvasive observation of cell state」
      Speaker: Naoya Tochio (Laboratory for Cellular Structural Biology)
      Title:The tandemly connected NMR for noninvasive observation of cell state

      演者 藤村 崇(呼吸器形成研究チーム)
      演題「Laboratory for Lung Development and Regeneration」
      Speaker: Takashi Fujimura (Laboratory for Lung Development and Regeneration)
      Title:Exploration for new morphological and genetic markers of lung tissue stem cells

    • 2020.9.30 Seminar

      9月のDECODE seminar

      演者 Kenneth Ho(発生動態研究チーム)
      演題「Sharing and accessing data - SSBD and Data Platform 」
      Speaker: Kenneth Ho (Laboratory for Developmental Dynamics)
      Title:Sharing and accessing data - SSBD and Data Platform

    • 2020.7.28 Seminar

      7月のDECODE seminar

      演者 Nuria Taberner Carretero(血管形成研究チーム)
      演題「Super resolution imaging of actomyosin organization to determine blood vessel state. 」
      Speaker: Nuria Taberner Carretero (Laboratory for Vascular Morphogenesis)
      Title:Super resolution imaging of actomyosin organization to determine blood vessel state.

    • 2020.6.23 Seminar

      6月のDECODE seminar

      演者 塩井 剛(先端バイオイメージング研究チーム)
      演題「次世代SPIM開発:マウス初期胚丸ごとライブイメージングと全細胞トラッキングに向けて」
      Speaker: Go Shioi (Laboratory for Comprehensive Bioimaging)
      Title:Next-generation SPIM for live imaging and all-cell tracking of a whole mouse embryo

    • 2020.6.11 Luncheon Seminar

      6月のDECODE Luncheon seminar

      演者 有吉 哲郎(細胞極性統御研究チーム)
      演題「発蛍光性RNAを用いた単一細胞転写動態の解明」
      Speaker: Tetsuro Ariyoshi (Laboratory for Cell Polarity Regulation)
      Title:Imaging single-cell transcriptional dynamics of the endogenous genes with a fluorogenic RNA.

    • 2020.6.4 Luncheon Seminar

      6月のDECODE Luncheon seminar

      演者 小川 泰策(細胞システム動態予測研究チーム)
      演題「An automated system of single cell picking and sequencing for DECODE project and its application」
      Speaker: Taisaku Ogawa (Laboratory for Prediction of Cell Systems Dynamics)
      Title:An automated system of single cell picking and sequencing for DECODE project and its application

    • 2020.5.28 Luncheon Seminar

      5月のDECODE Luncheon seminar

      演者 新海 創也(発生動態研究チーム)
      演題「3次元ゲノム構造データから読み解く動的レオロジー特性」
      Speaker: Soya Shinkai (Laboratory for Developmental Dynamics)
      Title:Dynamic rheology features decoded from the 3D genome data

    • 2020.5.26 Seminar

      5月のDECODE seminar

      演者 竹之内 修(染色体分配研究チーム)
      演題「生きたマウス卵母細胞における個別染色体の動態解析技術の開発」
      Speaker: Osamu Takenouchi (Laboratory for Chromosome Segregation)
      Title:Development of an imaging toolbox for analyzing dynamics of individual chromosomes in live mouse oocytes

      演者 金 水縁(細胞システム制御学研究ユニット)
      演題「Ultrasensitive bioanalyses realized by single-molecule imaging」
      Speaker: Sooyeon Kim (Laboratory for Cell Systems Control)
      Title:Ultrasensitive bioanalyses realized by single-molecule imaging

    • 2020.5.21 Luncheon Seminar

      5月のDECODE Luncheon seminar

      演者 一ノ瀬 純也(先端バイオイメージング研究チーム)
      演題「細産業分野向けのDECODEのアプリケーション開発。」
      Speaker: Junya Ichinose (Laboratory for Comprehensive Bioimaging)
      Title:Application developments of DECODE for industry fields.

    • 2020.4.28 Seminar

      4月のDECODE seminar

      演者 高尾 大輔(東京大学大学院医学系研究科)
      演題「細胞周期によって変動する特徴量をディープラーニングによって顕微鏡画像から抽出する」
      Speaker: Daisuke Takao (Graduate School of Medicine and Faculty of Medicine, The University of Tokyo)
      Title:Robust Classification of Cell Cycle Phase and Biological Feature Extraction by Image-Based Deep Learning

    • 2019年度

      • 2020.2.25 Seminar

        2月のDECODE seminar

        演者 松崎 文雄(非対称細胞分裂研究チーム)
        演題「複雑脳幹細胞系譜の不均一性解析」
        Speaker: Fumio Matsuzaki (Laboratory for Cell Asymmetry)
        Title:Analysis of cell lineage of neural stem cells in the convoluted brain formation.

        演者 田中 陽(集積バイオデバイス研究チーム)
        演題「ガラスマイクロ流体チップを用いたハイスループットDECODE」
        Speaker: Yo Tanaka (Laboratory for Integrated Biodevice)
        Title:High-throughput DECODE using glass microfluidic chip

      • 2020.1.28 Seminar

        1月のDECODE seminar

        演者 Arno Germond(先端バイオイメージング研究チーム)
        演題「Predicting gene expression and metabolic functions from label-free Raman imaging in bacteria and human IPS cells undergoing differentiation.」
        Speaker: Arno Germond (Laboratory for Comprehensive Bioimaging)
        Title: Predicting gene expression and metabolic functions from label-free Raman imaging in bacteria and human IPS cells undergoing differentiation.

      • 2019.12.24 Seminar

        12月のDECODE seminar

        演者 神原 丈敏(細胞極性統御研究チーム)
        演題「Toward DECODEing giraffe neural stem cell.」
        Speaker: Taketoshi Kambara (Laboratory for Cell Polarity Regulation)
        Title: Toward DECODEing giraffe neural stem cell.

      • 2019.11.26 Seminar

        11月のDECODE seminar

        演者 京田 耕司(発生動態研究チーム)
        演題「線虫C. elegans初期胚における細胞核分裂動態の計算解析」
        Speaker: Koji Kyoda (Laboratory for Developmental Dynamics)
        Title: Computational analysis of nuclear division dynamics in early C. elegans embryos

      • 2019.10.29 Seminar

        10月のDECODE seminar 

        10月の演者の写真
        高里チームリーダー
        10月の演者の写真
        栃尾さん

        今回はこの10月からスタートした連携プロジェクトについてセミナーを行いました。細胞構造生物学研究チームの栃尾尚哉さんには「Development of NMR methods to determine diverse types and/or states of cells」、ヒト器官形成研究チームの高里実チームリーダーには「人工MET発生系と機械学習を組み合わせた細胞特異性の同定と解析」という演題でお話しいただき、今後の研究の方向について議論を深めました。

      • 2019.10.1 Seminar

        9月のDECODE seminar 

        10月1日の演者の写真
        藤村さん
        10月1日の演者の写真
        増田さん

        今回は現在進行中の2つの連携プロジェクトについてセミナーを行いました。 網膜再生医療研究開発プロジェクトの増田 智浩さんには「Single-cell analysis of human stem cell-derived retinal organoids」、呼吸器形成研究チームの藤村 崇さんには「肺胞の組織幹細胞を特徴付ける形態、遺伝子マーカーの探索」という演題で発表していただきました。それぞれの研究について紹介があり、DECODEプロジェクトとの連携によりどのように研究を発展させられるのか、活発な議論を行いました。

      • 2019.7.23 Seminar

        7月のDECODE seminar

        7月の演者の写真 今回は、先端バイオイメージング研究チームの藤田英明さんが「Using Raman for DECODE」という演題で発表しました。ラマン分光法を用いて細胞の状態を識別する方法についてデータを示しながら説明があり、ラマンスペクトルと細胞機能の関連について深い議論を行いました。

      • 2019.7.12 Seminar

        DECODE project introductory seminar

        July 12, 3:00pm-, Kobe, A7F Seminar Room, DB Bldg.
        Broadcasting: Yokohama & Osaka
        This seminar was held to introduce the DECODE project and to invite applications for collaborative research in BDR.
        Poster>

      • 2019.7.2 Seminar

        6月のDECODE seminar

        6月の演者の写真 今回のセミナーは、細胞システム動態予測研究チームの小川泰策さんが、イメージングと1細胞遺伝子解析を融合させる技術開発の成果について発表を行いました。今後の研究の発展や応用先について、活発な質疑応答が行われました。

      • 2019.5.28 Seminar

        5月のDECODE seminar

        5月の演者の写真 今回は、NTTコミュニケーション科学基礎研究所の岩田具治特別研究員(理研AIP 客員研究員)に「Machine Learning for Biosciences」 という演題でお話しいただきました。機械学習の様々な技術についての分かりやすい紹介と、DECODEプロジェクトへの応用法についての説明がありました。セミナーには多くのBDRメンバーが参加し、機械学習への関心の高さがうかがえました。

      • 2019.4.23 Seminar

        4月のDECODE seminar

        4月の演者の写真 今回は細胞極性統御研究チームの髙井 啓さんが「生細胞内でのRNAの可視化と操作のための新規プローブ開発」という演題で発表しました。このプローブの特性について説明があり、細胞状態をDECODEするためのプローブ活用法について議論を行いました。

      • 2019.4.18 Topic

        微細加工デバイス利用案内

        集積バイオデバイス研究チームが所外向けに、微細加工デバイス利用案内に関するページを開設しました。


      • 2018年度

        • 2019.3.29 Seminar

          3月のDECODE seminar

          3月の演者の写真 今回は理研 革新知能統合研究センター(AIP)病理情報学チームの山本陽一朗チームリーダーに 「Automated acquisition of knowledge from images」という演題で発表していただきました。機械学習を用いた病理画像の解析について分かりやすい説明があり、病理医が注目しにくかった領域をも抽出できる手法について理解を深めました。

        • 2019.2.26 Seminar

          2月のDECODE seminar

          2月の演者の写真 今回はヒト器官形成研究チームの高里実チームリーダーに「Recreating the kidney from stem cells」という演題でご発表いただきました。非常に複雑な構造を持つ腎臓のオルガノイドが見事に形成されていく様子に一同感嘆し、実験の詳細やオルガノイド形成のメカニズムについて議論を行いました。

        • 2019.1.22 Seminar

          1月のDECODE seminar

          1月の演者の写真 今回は呼吸器形成研究チームの森本充チームリーダーに、「Lung development and regeneration」と題して、呼吸器の発生と再生の複雑な機構についての研究成果を発表していただきました。呼吸器細胞のダイナミックな動きやオルガノイドの形成についてご紹介があり、DECODEプロジェクトとの連携の可能性も意識しながら熱い議論を行いました。

        • 2018.12.25 Seminar

          12月のDECODE seminar

          12月の演者の写真 今回の発表は細胞シグナル動態研究チーム 安井真人さんによる「細胞自動観察システムの応用について」でした。開発の結果、飛躍的に性能が向上したオートフォーカスモジュールについて説明があり、これを装備した顕微鏡システムの応用方法について議論を行いました。
          細胞自動観察システムの詳細についてはこちら プレスリリース >

        •   
        • 2018.12.5 Topic

          AIP-BDR 合同ワークショップ

          12月4日に理研革新知能統合研究センター(AIP)と生命機能科学研究センター(BDR)の合同ワークショップをBDRで開催しました。両センターの画像解析・画像診断、機械学習を中心とした最新の研究について10名の研究者が発表を行い、今後の連携の可能性について議論しました。終了後にはBDRで開発した実験機器の見学会も実施され、細胞からのデータ取得について現場での意見交換が行われました。

           
        • 2018.11.27 Seminar

          11月のDECODE seminar

          11月の演者の写真 今回の発表は多階層生命動態研究チーム 古澤力チームリーダーによる
          「Decoding gut microbiota by imaging analysis of fecal samples」
          糞便の画像から機械学習を用いて腸内細菌の比率を予測するという技術について発表があり、その技術の詳細について様々な方面から議論を行いました。

        • 2018.11.8 Topic

          特許

          DECODEプロジェクトに有効な細胞ピックアップシステムの技術開発において、小川泰策と城口克之(細胞システム動態予測研究ユニット)らが特許を出願しました。

        • 2018.9.25 Seminar

          9月のDECODE seminar

          9月の演者の写真 今回のセミナーは、理研 革新知能統合研究センター 構造的学習チームの武石直也さんによる 「Extracting Distinctive Coherent Patterns from Labeled Spatio-Temporal Data Collections」
          ラベル付けされている動画像の時空間データから、そのラベル間の違いを特徴づけるパターンを抽出する方法について説明がありました。そしてこの技術の特徴や、どのように細胞や脳の研究に応用できるのかという点について議論を行いました。

        • 2018.8.28 Seminar

          8月のDECODE seminar

          8月の演者の写真 今回の発表は計算分子設計研究チームの小山洋平さんによる
          「A brief review of recent advances in trajectory analysis of molecular dynamics simulations」
          分子の動きをシミュレーションしたデータを解析する手法について説明がありました。

        • 2018.7.31 Topic

          論文

          先端バイオイメージング研究チームのArno Germondさんの論文が受理されました。ラマン分光法と機械学習により薬剤耐性菌の種類を見分ける方法を開発したものです。
          "Raman spectral signature reflects transcriptomic features of antibiotic resistance"
          Communications Biology 1:85 (2018)
          プレスリリース >研究テーマ >

        •   
        • 2018.7.24 Seminar

          7月のDECODE seminar

          7月の演者の写真 今回の発表はバイオコンピューティング研究チームの落合幸治さんによる
          「Cell identification through machine learning」
          細胞の画像から高い確率で細胞種を識別する機械学習の手法について発表があり、今後の研究の発展方向について議論を行いました。

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        • 2018.6.26 Seminar

          6月のDECODE seminar

          6月の演者の写真 今回の発表は発生動態研究チームの新海創也さんによる
          「Deciphering Hi-C data onto polymer modeling」
          クロマチンの空間的な近接を表すHi-C dataを用いて、Polymer modelを構築する方法の開発について説明がありました。

        • 2018.5.22 Topic

          研究員の募集

          DECODEプロジェクトの研究員を募集しています。興味のある方はdecode-pj[at]ml.riken.jpまでお問い合わせ下さい。

          • 2018.5.22 Seminar

            5月のDECODE seminar

            5月の演者の写真 今回の発表は、理研 革新知能統合研究センター 構造的学習チームの河原吉伸チームリーダーによる 「データ駆動による潜在的ダイナミクス抽出 ~機械学習に基づく作用素論的データ解析による方法」
            機械学習の手法と、細胞の画像解析への応用について活発な議論が行われました。

            • 2018.4.24 Seminar

              4月のDECODE seminar

              演者の写真 細胞極性統御研究チームの稲生大輔さんから、生きた細胞内のクロマチンの構造を可視化できる蛍光プローブの紹介があり、 その応用について議論を行いました。

              • 2018.4.23 Topic

                実験補助パートタイマーの募集

                DECODEプロジェクトの実験補助を行うパートタイマーを募集しています。詳細はこちら

                • 2018.4.18 Seminar

                  理研イブニングセミナー [4月18日]

                  プロジェクトメンバーの城口克之ユニットリーダーが、DECODEプロジェクトの関連技術を紹介しました。
                  「核酸をデジタル計測できるDNA分子バーコード法の原理・注意点・新機能・応用例」(クリックすると別ウインドウが開きます。)

                • 2017年度

                  • 2018.3.28 Topic

                    2018年度のDECODE seminar

                    Decode部屋の看板2018年度も月一回のペースで大阪の生命システム研究棟にてDECODE seminar を行います。要素技術の開発がかなり進んだ今、これからどのようにDECODEが花開くのか楽しみです。新年度も活発な議論を期待します。

                  • 2018.3.27 Seminar

                    3月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は細胞シグナル動態チームの安井真人さんによる
                    「Quick Auto Focus and PALM」
                    全自動1分子観察装置「AiSIS (Automatic in-cell Single Molecule Imaging System)」に搭載された自動焦点装置のさらなる開発と、Photoactivated Localization Microscopyへの応用について説明がありました。

                  • 2018.2.27 Seminar

                    2月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は細胞システム動態予測研究ユニットの小川泰策さんによる
                    「Combination of imaging and RNA sequencing for single cells」
                    細胞の画像を撮り、その後細胞をピックアップして1細胞レベルで遺伝子発現解析を行うというDECODEの王道を行く研究について発表がありました。

                  • 2018.1.23 Seminar

                    1月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は細胞極性統御研究チームの有吉哲郎さんによる
                    「超高輝度蛍光RNAによるmRNA時空間動態の可視化」
                    生きた細胞内のmRNAを可視化するプローブの開発について説明があり、その応用について議論を行いました。

                  • 2017.12.26 Seminar

                    12月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は発生動態研究チームのChamidu Atupelageさんによる
                    「Deep convolutional neural network-based method for segmenting DIC microscopic images of C. elegans embryos」
                    機械学習を使った顕微鏡画像の処理方法について紹介があり、議論を行いました。

                  • 2017.11.28 Seminar

                    11月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は先端バイオイメージング研究チームのArno Germondさんによる
                    「Cell type discrimination using multiplex Raman imaging and machine learning」
                    細胞のラマンスペクトルと機械学習を使って、細胞の種類を分類する技術について説明がありました。

                  • 2017.10.24 Seminar

                    10月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表はバイオコンピューティング研究チームの落合幸治さんによる
                    「画像認識による分化状態判別」
                    機械学習を用いて顕微鏡画像から細胞の種類を識別するというDECODEの基幹技術について発表がありました。

                  •  
                  • 2017.9.26 Seminar

                    9月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は細胞極性統御研究チームの柳沼秀幸さんによる
                    「改良型蛍光ATPセンサーを用いた細胞内代謝変化の可視化」
                    個々の細胞のATP濃度やその時間変動を観察することで何が理解できるのかについて議論を行いました。

                  • 2017.8.22 Seminar

                    8月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は発生動態研究チームの京田耕司さんによる
                    「デコードプロジェクトのためのデータベースの構築に向けて」
                    データベース構築についての説明があり、活発な議論が行われました。このデータベースにより細胞画像データ等の共有が簡単に行えるようになり、研究の発展が期待されます。

                  • 2017.6.27 Seminar

                    6月のDECODE seminar

                    演者の写真今回の発表は先端バイオイメージング研究チームのArno Germondさんによる
                    「Exploring the relation between gene and Ramanspectra」
                    細胞ごとに得たラマン分光スペクトルデータと遺伝子発現をつなげる技術の開発について発表がありました。