2023年度
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2023.10.24 Seminar
10月のDECODE seminar
演者 竹之内 修（染色体分配研究チーム）
演題「生きた卵母細胞内の染色体を識別するイメージングツールボックスの開発」
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2023.9.26 Seminar
9月のDECODE seminar
演者 宇野 雅晴（老化分子生物学研究チーム）
演題「イメージデータを用いた線虫の老化状態の予測」
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2023.7.25 Seminar
7月のDECODE seminar
演者 菅原 皓（発生動態研究チーム）
演題「ELEPHANT:疎なアノテーションで学習可能なディープラーニングによる細胞トラッキング画像解析」
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2023.6.27 Seminar
6月のDECODE seminar
演者 坂口 秀哉（理研BDR-大塚製薬連携センター）
演題「神経オルガノイド、ライブイメージング、多能性幹細胞」
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2023.5.23 Seminar
5月のDECODE seminar
演者 山本 晃毅（細胞極性統御研究チーム）
演題「ナノチャネル内の溶液特性の調査とその応用」
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2023.4.25 Seminar
4月のDECODE seminar
演者 佐々木 健介（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「ラマンx遺伝子発現細胞指紋技術を用いた細胞状態のデコーディング」
演者 一ノ瀬 純也（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「ラマン散乱スペクトル計測による米消化性の定量的予測」 -
2023.3.28 Seminar
3月のDECODE seminar
演者 HOU SHENGQUN（脳エピトランスクリプトミクス研究チーム）
演題「SCAMAN: a high through-put spine analysis method for brain-wide excitatory transmission evaluation」
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2023.2.28 Seminar
2月のDECODE seminar
演者 谷口 大相（細胞極性統御研究チーム）
演題「回転不変指紋法を用いたセルトラッキング」
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2023.1.24 Seminar
1月のDECODE seminar
演者 髙里 実（ヒト器官形成研究チーム）
演題「Cellular specificity of MET during nephrogenesis」
演者 森本 充（呼吸器形成研究チーム）
演題「細胞内構造標識技術を使った肺組織幹細胞の特徴量探索」 -
2022.12.20 Seminar
12月のDECODE seminar
演者 Jianshi Jin（細胞システム動態予測研究チーム）
Yungyu Tsai (細胞システム動態予測研究チーム)
演題「Upgrading of ALPS (Automated Live-imaging and cell Picking System) towards wider applications. 」
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2022.11.22 Seminar
11月のDECODE seminar
演者 栃尾 尚哉（細胞構造生物学研究チーム）
演題「Hydrogen peroxide-induced changes in HeLa and Jurkat cells observed using Cell-condition & Cell-secretion tandem NMR 」
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2022.10.25 Seminar
10月のDECODE seminar
演者 Chentao WEN（発生動態研究チーム）
演題「Exploring brain dynamics and structure with machine learning techniques 」
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2022.10.4 Seminar
9月のDECODE seminar
演者 金 水縁（細胞システム制御学研究チーム）
演題「Next-generation bioassays using 3D single-molecule optical imaging 」
演者 竹之内 修（染色体分配研究チーム）
演題「生きた卵母細胞内の染色体動態を解析するイメージングツールボックスの開発」 -
2022.8.23 Seminar
8月のDECODE seminar
演者 岡田 信久（非対称細胞分裂研究チーム）
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2022.7.26 Seminar
7月のDECODE seminar
演者 佐々木 健介（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「蛍光マルチスペクトルイメージングによる柑橘系果実の品質管理 」
演者 藤田 英明（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「Estimation of crossbridge state changes during cardiomyocyte beating using second harmonic generation anisotropy measurements 」
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2022.6.28 Seminar
6月のDECODE seminar
演者 坂口 秀哉（理研BDR-大塚製薬連携センター）
演題「神経オルガノイド形成における上皮形成の捕捉 」
演者 宇野 雅晴（老化分子生物学研究チーム）
演題「イメージデータを用いた線虫の老化状態の予測 」
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2022.5.24 Seminar
5月のDECODE seminar
演者 Zhong Chongxia（細胞極性統御研究チーム）
演者 犬塚 悠剛（細胞極性統御研究チーム） -
2022.4.26 Seminar
4月のDECODE seminar
演者 田中 陽（集積バイオデバイス研究チーム）
演題「ナノ空間特性の探索と展開」
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2022.3.22 Seminar
3月のDECODE seminar
演者 Tobias Frick（細胞システム動態予測研究チーム）
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2022.2.22 Seminar
2月のDECODE seminar
演者 増田 智浩（網膜再生医療研究開発プロジェクト）
演題「ヒトiPS細胞由来網膜組織のシングルセル解析 」
演者 髙里 実（ヒト器官形成研究チーム）
演題「Cell specificity of undergoing MET during kidney development 」
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2022.1.25 Seminar
1月のDECODE seminar
演者 大浪 修一（発生動態研究チーム）
演題「理研およびBDRにおける研究DXの目指すべき姿とその進め方について 」
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2021.12.21 Seminar
12月のDECODE seminar
演者 栃尾 尚哉（細胞構造生物学研究チーム）
演題「Hydrogen peroxide-induced changes in HeLa cells observed using Cell-condition & Cell-secretion tandem NMR 」
演者 森本 充（呼吸器形成研究チーム）
演題「１細胞形態から肺の新しい組織幹細胞をDECODEする」
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2021.11.30 Seminar
11月のDECODE seminar
演者 佐々木 健介（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「Towards the decoding of citrus fruit states with multispectral imaging 」
演者 一ノ瀬 純也（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「表面増強共鳴ラマン散乱によるマイクロRNAの特異的検出」
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2021.10.26 Seminar
10月のDECODE seminar
演者 Nuria Taberner （血管形成研究チーム）
演題「Actomyosin organization in lumenized developing blood vessels.」
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2021.9.28 Seminar
9月のDECODE seminar
演者 髙尾 大輔 （細胞極性統御研究チーム）
演題「細胞集団ダイナミクス解析のためのAI技術による細胞トラッキングとプロファイリング」
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2021.7.27 Seminar
7月のDECODE seminar
演者 Jianshi (Frank) Jin （細胞システム動態予測研究チーム）
演題「Decoding single-cell transcriptomic states from cell images enabled by robotic data acquisition and deep learning」
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2021.6.22 Seminar
6月のDECODE seminar
演者 金 水縁（細胞システム制御学研究チーム）
演題「Next-generation biochemical analyses using single-molecule volumetric imaging」
演者 竹之内 修（染色体分配研究チーム）
演題「生きた卵母細胞内の染色体動態を解析する新規手法の開発とその応用」
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2021.5.25 Seminar
5月のDECODE seminar
演者 京田 耕司（発生動態研究チーム）
演題「線虫C. elegans初期胚における細胞核分裂動態の計算解析」
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2021.4.27 Seminar
4月のDECODE seminar
演者 坂口 秀哉（理研BDR-大塚製薬連携センター）
演題「Towards decoding the mechanism of neuroepithelium formation during the development of neural organoids. 」
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2021.3.23 Seminar
3月のDECODE seminar
演者 田中 陽（集積バイオデバイス研究チーム）
演題「ナノ流体チップ -マイクロからナノへ-」
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2021.2.16 Seminar
2月のDECODE seminar
演者 塩井 剛（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「Next-generation SPIM : from single cells to a whole embryo」
演者 藤田 英明（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「Distorted cardiomyogenesis pathway of disease-derived iPSC revealed by Raman spectroscopy」
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2021.1.26 Seminar
1月のDECODE seminar
演者 増田 智浩（網膜再生医療研究開発プロジェクト）
演題「シングルセル解析を用いた移植に適した細胞特性を持つ網膜前駆細胞の検索 」
演者 髙里 実（ヒト器官形成研究チーム）
演題「Cell specificity of undergoing MET during kidney development」
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2020.12.22 Seminar
12月のDECODE seminar
演者 池田 一穂（細胞極性統御研究チーム）
演題「ゲノム配列特異的プローブによる細胞内ゲノム可視化技術 」
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2020.11.24 Seminar
11月のDECODE seminar
演者 小川 泰策, Jianshi Jin（細胞システム動態予測研究チーム）
演題「Towards deep learning-based prediction of single cell gene expression state from time-lapse images 」
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2020.10.27 Seminar
10月のDECODE seminar
演者 栃尾 尚哉（細胞構造生物学研究チーム）
演題「The tandemly connected NMR for noninvasive observation of cell state」
演者 藤村 崇（呼吸器形成研究チーム）
演題「Laboratory for Lung Development and Regeneration」
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2020.9.30 Seminar
9月のDECODE seminar
演者 Kenneth Ho（発生動態研究チーム）
演題「Sharing and accessing data - SSBD and Data Platform 」
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2020.7.28 Seminar
7月のDECODE seminar
演者 Nuria Taberner Carretero（血管形成研究チーム）
演題「Super resolution imaging of actomyosin organization to determine blood vessel state. 」
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2020.6.23 Seminar
6月のDECODE seminar
演者 塩井 剛（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「次世代SPIM開発：マウス初期胚丸ごとライブイメージングと全細胞トラッキングに向けて」
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2020.6.11 Luncheon Seminar
6月のDECODE Luncheon seminar
演者 有吉 哲郎（細胞極性統御研究チーム）
演題「発蛍光性RNAを用いた単一細胞転写動態の解明」
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2020.6.4 Luncheon Seminar
6月のDECODE Luncheon seminar
演者 小川 泰策（細胞システム動態予測研究チーム）
演題「An automated system of single cell picking and sequencing for DECODE project and its application」
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2020.5.28 Luncheon Seminar
5月のDECODE Luncheon seminar
演者 新海 創也（発生動態研究チーム）
演題「３次元ゲノム構造データから読み解く動的レオロジー特性」
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2020.5.26 Seminar
5月のDECODE seminar
演者 竹之内 修（染色体分配研究チーム）
演題「生きたマウス卵母細胞における個別染色体の動態解析技術の開発」
演者 金 水縁（細胞システム制御学研究ユニット）
演題「Ultrasensitive bioanalyses realized by single-molecule imaging」
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2020.5.21 Luncheon Seminar
5月のDECODE Luncheon seminar
演者 一ノ瀬 純也（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「細産業分野向けのDECODEのアプリケーション開発。」
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2020.4.28 Seminar
4月のDECODE seminar
演者 高尾 大輔（東京大学大学院医学系研究科）
演題「細胞周期によって変動する特徴量をディープラーニングによって顕微鏡画像から抽出する」
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2020.2.25 Seminar
2月のDECODE seminar
演者 松崎 文雄（非対称細胞分裂研究チーム）
演題「複雑脳幹細胞系譜の不均一性解析」
演者 田中 陽（集積バイオデバイス研究チーム）
演題「ガラスマイクロ流体チップを用いたハイスループットDECODE」
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2020.1.28 Seminar
1月のDECODE seminar
演者 Arno Germond（先端バイオイメージング研究チーム）
演題「Predicting gene expression and metabolic functions from label-free Raman imaging in bacteria and human IPS cells undergoing differentiation.」
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2019.12.24 Seminar
12月のDECODE seminar
演者 神原 丈敏（細胞極性統御研究チーム）
演題「Toward DECODEing giraffe neural stem cell.」
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2019.11.26 Seminar
11月のDECODE seminar
演者 京田 耕司（発生動態研究チーム）
演題「線虫C. elegans初期胚における細胞核分裂動態の計算解析」
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2019.10.29 Seminar
10月のDECODE seminar
高里チームリーダー 
栃尾さん 今回はこの10月からスタートした連携プロジェクトについてセミナーを行いました。細胞構造生物学研究チームの栃尾尚哉さんには「Development of NMR methods to determine diverse types and/or states of cells」、ヒト器官形成研究チームの高里実チームリーダーには「人工MET発生系と機械学習を組み合わせた細胞特異性の同定と解析」という演題でお話しいただき、今後の研究の方向について議論を深めました。
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2019.10.1 Seminar
9月のDECODE seminar
藤村さん 
増田さん 今回は現在進行中の２つの連携プロジェクトについてセミナーを行いました。 網膜再生医療研究開発プロジェクトの増田 智浩さんには「Single-cell analysis of human stem cell-derived retinal organoids」、呼吸器形成研究チームの藤村 崇さんには「肺胞の組織幹細胞を特徴付ける形態、遺伝子マーカーの探索」という演題で発表していただきました。それぞれの研究について紹介があり、DECODEプロジェクトとの連携によりどのように研究を発展させられるのか、活発な議論を行いました。
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2019.7.23 Seminar
7月のDECODE seminar
今回は、先端バイオイメージング研究チームの藤田英明さんが「Using Raman for
DECODE」という演題で発表しました。ラマン分光法を用いて細胞の状態を識別する方法についてデータを示しながら説明があり、ラマンスペクトルと細胞機能の関連について深い議論を行いました。
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2019.7.12 Seminar
DECODE project introductory seminar
July 12, 3:00pm-, Kobe, A7F Seminar Room, DB Bldg.
Broadcasting: Yokohama & Osaka
This seminar was held to introduce the DECODE project and to invite applications for collaborative research in BDR.
Poster＞ -
2019.7.2 Seminar
6月のDECODE seminar
今回のセミナーは、細胞システム動態予測研究チームの小川泰策さんが、イメージングと１細胞遺伝子解析を融合させる技術開発の成果について発表を行いました。今後の研究の発展や応用先について、活発な質疑応答が行われました。
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2019.5.28 Seminar
5月のDECODE seminar
今回は、NTTコミュニケーション科学基礎研究所の岩田具治特別研究員（理研AIP 客員研究員）に「Machine Learning for Biosciences」
という演題でお話しいただきました。機械学習の様々な技術についての分かりやすい紹介と、DECODEプロジェクトへの応用法についての説明がありました。セミナーには多くのBDRメンバーが参加し、機械学習への関心の高さがうかがえました。
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2019.4.23 Seminar
4月のDECODE seminar
今回は細胞極性統御研究チームの髙井
啓さんが「生細胞内でのRNAの可視化と操作のための新規プローブ開発」という演題で発表しました。このプローブの特性について説明があり、細胞状態をDECODEするためのプローブ活用法について議論を行いました。
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2019.4.18 Topic
微細加工デバイス利用案内
集積バイオデバイス研究チームが所外向けに、微細加工デバイス利用案内に関するページを開設しました。
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2019.3.29 Seminar
3月のDECODE seminar
今回は理研 革新知能統合研究センター（AIP）病理情報学チームの山本陽一朗チームリーダーに 「Automated acquisition of
knowledge from
images」という演題で発表していただきました。機械学習を用いた病理画像の解析について分かりやすい説明があり、病理医が注目しにくかった領域をも抽出できる手法について理解を深めました。
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2019.2.26 Seminar
2月のDECODE seminar
今回はヒト器官形成研究チームの高里実チームリーダーに「Recreating the kidney from stem
cells」という演題でご発表いただきました。非常に複雑な構造を持つ腎臓のオルガノイドが見事に形成されていく様子に一同感嘆し、実験の詳細やオルガノイド形成のメカニズムについて議論を行いました。
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2019.1.22 Seminar
1月のDECODE seminar
今回は呼吸器形成研究チームの森本充チームリーダーに、「Lung development and
regeneration」と題して、呼吸器の発生と再生の複雑な機構についての研究成果を発表していただきました。呼吸器細胞のダイナミックな動きやオルガノイドの形成についてご紹介があり、DECODEプロジェクトとの連携の可能性も意識しながら熱い議論を行いました。
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2018.12.25 Seminar
12月のDECODE seminar
今回の発表は細胞シグナル動態研究チーム
安井真人さんによる「細胞自動観察システムの応用について」でした。開発の結果、飛躍的に性能が向上したオートフォーカスモジュールについて説明があり、これを装備した顕微鏡システムの応用方法について議論を行いました。
細胞自動観察システムの詳細についてはこちら プレスリリース ＞ -
2018.12.5 Topic
AIP-BDR 合同ワークショップ
12月4日に理研革新知能統合研究センター（AIP）と生命機能科学研究センター（BDR）の合同ワークショップをBDRで開催しました。両センターの画像解析・画像診断、機械学習を中心とした最新の研究について10名の研究者が発表を行い、今後の連携の可能性について議論しました。終了後にはBDRで開発した実験機器の見学会も実施され、細胞からのデータ取得について現場での意見交換が行われました。
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2018.11.27 Seminar
11月のDECODE seminar
今回の発表は多階層生命動態研究チーム 古澤力チームリーダーによる
「Decoding gut microbiota by imaging analysis of fecal samples」
糞便の画像から機械学習を用いて腸内細菌の比率を予測するという技術について発表があり、その技術の詳細について様々な方面から議論を行いました。 -
2018.11.8 Topic
特許
DECODEプロジェクトに有効な細胞ピックアップシステムの技術開発において、小川泰策と城口克之（細胞システム動態予測研究ユニット）らが特許を出願しました。
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2018.9.25 Seminar
9月のDECODE seminar
今回のセミナーは、理研 革新知能統合研究センター 構造的学習チームの武石直也さんによる
「Extracting Distinctive Coherent Patterns from Labeled Spatio-Temporal Data
Collections」
ラベル付けされている動画像の時空間データから、そのラベル間の違いを特徴づけるパターンを抽出する方法について説明がありました。そしてこの技術の特徴や、どのように細胞や脳の研究に応用できるのかという点について議論を行いました。 -
2018.8.28 Seminar
8月のDECODE seminar
今回の発表は計算分子設計研究チームの小山洋平さんによる
「A brief review of recent advances in trajectory analysis of molecular dynamics simulations」
分子の動きをシミュレーションしたデータを解析する手法について説明がありました。
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2018.7.31 Topic
論文
先端バイオイメージング研究チームのArno Germondさんの論文が受理されました。ラマン分光法と機械学習により薬剤耐性菌の種類を見分ける方法を開発したものです。
"Raman spectral signature reflects transcriptomic features of antibiotic resistance"
Communications Biology 1:85 (2018)
プレスリリース > 研究テーマ > -
2018.7.24 Seminar
7月のDECODE seminar
今回の発表はバイオコンピューティング研究チームの落合幸治さんによる
「Cell identification through machine learning」
細胞の画像から高い確率で細胞種を識別する機械学習の手法について発表があり、今後の研究の発展方向について議論を行いました。 -
2018.6.26 Seminar
6月のDECODE seminar
今回の発表は発生動態研究チームの新海創也さんによる
「Deciphering Hi-C data onto polymer modeling」
クロマチンの空間的な近接を表すHi-C dataを用いて、Polymer modelを構築する方法の開発について説明がありました。 -
2018.5.22 Topic
研究員の募集
DECODEプロジェクトの研究員を募集しています。興味のある方はdecode-pj[at]ml.riken.jpまでお問い合わせ下さい。
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2018.5.22 Seminar
5月のDECODE seminar
今回の発表は、理研 革新知能統合研究センター 構造的学習チームの河原吉伸チームリーダーによる
「データ駆動による潜在的ダイナミクス抽出 ～機械学習に基づく作用素論的データ解析による方法」
機械学習の手法と、細胞の画像解析への応用について活発な議論が行われました。 -
2018.4.24 Seminar
4月のDECODE seminar
細胞極性統御研究チームの稲生大輔さんから、生きた細胞内のクロマチンの構造を可視化できる蛍光プローブの紹介があり、
その応用について議論を行いました。 -
2018.4.23 Topic
実験補助パートタイマーの募集
DECODEプロジェクトの実験補助を行うパートタイマーを募集しています。詳細はこちら
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2018.4.18 Seminar
理研イブニングセミナー [4月18日]
プロジェクトメンバーの城口克之ユニットリーダーが、DECODEプロジェクトの関連技術を紹介しました。
「核酸をデジタル計測できるDNA分子バーコード法の原理・注意点・新機能・応用例」（クリックすると別ウインドウが開きます。） -
2018.3.28 Topic
2018年度のDECODE seminar
2018年度も月一回のペースで大阪の生命システム研究棟にてDECODE
seminar
を行います。要素技術の開発がかなり進んだ今、これからどのようにDECODEが花開くのか楽しみです。新年度も活発な議論を期待します。
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2018.3.27 Seminar
3月のDECODE seminar
今回の発表は細胞シグナル動態チームの安井真人さんによる
「Quick Auto Focus and PALM」
全自動１分子観察装置「AiSIS (Automatic in-cell Single Molecule Imaging System)」に搭載された自動焦点装置のさらなる開発と、Photoactivated Localization Microscopyへの応用について説明がありました。 -
2018.2.27 Seminar
2月のDECODE seminar
今回の発表は細胞システム動態予測研究ユニットの小川泰策さんによる
「Combination of imaging and RNA sequencing for single cells」
細胞の画像を撮り、その後細胞をピックアップして１細胞レベルで遺伝子発現解析を行うというDECODEの王道を行く研究について発表がありました。 -
2018.1.23 Seminar
1月のDECODE seminar
今回の発表は細胞極性統御研究チームの有吉哲郎さんによる
「超高輝度蛍光RNAによるmRNA時空間動態の可視化」
生きた細胞内のmRNAを可視化するプローブの開発について説明があり、その応用について議論を行いました。 -
2017.12.26 Seminar
12月のDECODE seminar
今回の発表は発生動態研究チームのChamidu
Atupelageさんによる
「Deep convolutional neural network-based method for segmenting DIC microscopic images of C. elegans embryos」
機械学習を使った顕微鏡画像の処理方法について紹介があり、議論を行いました。 -
2017.11.28 Seminar
11月のDECODE seminar
今回の発表は先端バイオイメージング研究チームのArno
Germondさんによる
「Cell type discrimination using multiplex Raman imaging and machine learning」
細胞のラマンスペクトルと機械学習を使って、細胞の種類を分類する技術について説明がありました。 -
2017.10.24 Seminar
10月のDECODE seminar
今回の発表はバイオコンピューティング研究チームの落合幸治さんによる
「画像認識による分化状態判別」
機械学習を用いて顕微鏡画像から細胞の種類を識別するというDECODEの基幹技術について発表がありました。 -
2017.9.26 Seminar
9月のDECODE seminar
今回の発表は細胞極性統御研究チームの柳沼秀幸さんによる
「改良型蛍光ATPセンサーを用いた細胞内代謝変化の可視化」
個々の細胞のATP濃度やその時間変動を観察することで何が理解できるのかについて議論を行いました。 -
2017.8.22 Seminar
8月のDECODE seminar
今回の発表は発生動態研究チームの京田耕司さんによる
「デコードプロジェクトのためのデータベースの構築に向けて」
データベース構築についての説明があり、活発な議論が行われました。このデータベースにより細胞画像データ等の共有が簡単に行えるようになり、研究の発展が期待されます。 -
2017.6.27 Seminar
6月のDECODE seminar
今回の発表は先端バイオイメージング研究チームのArno
Germondさんによる
「Exploring the relation between gene and Ramanspectra」
細胞ごとに得たラマン分光スペクトルデータと遺伝子発現をつなげる技術の開発について発表がありました。
2022年度
DECODE seminarは理研生命機能科学研究センターの内部向けに開催しています。